Humanos y chimpancés compartimos un ancestro común, Sahelanthropus tchadensis, que existió hace 6,5 millones de años. A partir de ese momento, ambos linajes evolucionaron independientemente dando origen al hombre y al chimpancé. Prácticamente no hay diferencia entre los genomas de ambas especies, ya que comparativamente sólo una pequeña fracción del genoma, el 1,5 %, es exclusiva de nuestra especie, es decir que alrededor de un 98,5 % del ADN es idéntico al del chimpancé.
Los estudios moleculares indican que el chimpancé está más emparentado con el hombre, que el gorila o el orangután.
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